1．成立检查组
只有很少的检查可以由单独的检查员来完成，绝大我数检查必须成立检查组。检查组的成员由来自各方面的成员组成，如实验室人员、FDA官员、药理学家等。受检验室所在地区的FDA地区办公室任命检查组组长，对于一些特殊检查可由来自FDA检查和应急部（the Division of Emergency and Investigational Operations）的官员直接任组长。组长全面对检查负责，如检查前制定检查方案，为组员安排检查的准备工作使组员尽早熟悉自己的职责，如需要向中心申请专家参与检查；检查中为组员提供指南，协调组员关系以便相互交流意见，及时总结汇报，必要时修改检查方案；检查后负责检查报告的定稿。
2．确定检查的日程安排
由地区办公室确定检查的具体日期及安排，并通知各方检查员以求达成一致。
3．检查通知
检查组成立后，如果是常规检查，FDA地区办公室将在检查前1-2周电话通知实验室；若是直接检查，则不通知。当然无论通知与否，都不会告知审查的具体研究但为保证检查组能见到从事研究的专门人员可以有一些情况。
通知后调查的惟一障碍就是非临床实验机构拒绝检查。因为FDA没有权力强行检查任何非临床实验室，除非这些实验室进行关于食品、药物、新动物或医药器械产品的试验。然而，若拒绝检查，该实验室将被FDA检查员告之，根据FDA的政策，由拒绝检查的实验室进行或指导的用于申请研究或上市的研究结果将不被接受。拒绝检查设备或研究的信息将由现场检查员通过电话迅速与总部联系并转给相关的中心。其中还包括部分的拒绝，如拒绝接触研究代号表、标准操作规程以及其他有关检查文件的主计划表的副本都视为是全部拒绝而同样对待。