与对研究的检查不同，每半年进行一次主要对机构的检查集中于某范围的运作过程，目的是在于保证机构确有各具体标准操作规程要求的文件记录。检查范围有：临床前生物学统计、研究系统（模型）和研究程序及维修。检查包括：工作记录评价、履历表、培训记录、SOP历史文件、研究数据的保管和存放、生物组织、动物尸体和幻灯片。
另一种机构检查是指在批准任何合同实施室进行分包研究前，先检查其是否具备按GLP条件的工作能力，合同实验室的要求可以GLP条例要求为基础或者高于其要求。QAU要审阅合同实验室的QAU检查报告和相关答复。如果合同实验室拒绝让QAU审阅其检查报告，可以不使用该机构。应当指出的是，尽管QAU对合同实验进行检查，但该实验室自身有义务遵守GLP条例的要求。
对于联合机构或合作开发者机构完成的研究，我们认可其QAU检查程序，并依靠QAU进行各种必要的检查。如果和合作开发者签订合同时，安全性研究已经完成，我们通过SOP和QAU检查报告及由答复体现的QAU检查规程评审，然后把评审结果上报我方研究机构负责人。